یزد از شهرهای مذهبی ایران به شمار می رود. هزاران سال پیش، هنگامی که کوچ نشینان در مسیر بلخ به پارس از شهر تاریخی یزد عبور کردند، نام یزدان را بر شهر نهادند. یزدان به معنای عبادت، نامی برازنده و مناسب این شهر بود. مسجد فهرج نیز بخشی از یزد (عبادتگاه باستانی یزد) می باشد.

قدمت روستای فهرج به پیش از اسلام برمی گردد. نام این روستا، با گذشت زمان از پهره به فهرج تغییر یافته است. فهرج، روستایی ست با ظاهری کاملا سنتی و ایرانی. روستایی که تاکنون تمدن مدرن به آن راه نیافته. روستای فهرج، در گذشته یکی از چهار بخش مهم و اصلی شهر تاریخی یزد بود.

مسجد فهرج با خضوع و تواضعی بی همتا، قلب تپنده روستا به شمار می رود. قدمت بنای مسجد به دوره پیش از اسلام (دوره ساسانیان) برمی گردد.

ساختمان بنا، پس از ورود اسلام، در زمان خلافت خلیفه دوم عمر فاروق به مسجد تغییر کاربری یافت. معماری ساده و بی ریای مسجد، گواهی قدمت چند هزارساله آن است. مناره گلی و کوتاه مسجد که بعدها در قرن سوم، به ساختمان گلی آن اضافه شده، شاخص ترین عنصر معماری ساختمان مسجد می باشد. این مناره امکان دسترسی به پشت بام بنا را فراهم می آورد. مسجد از نوع شبستانی و فاقد ایوان است. مسجد فهرج دارای هشت ستون عظیم و مستحکم و شبستانی کوچک می باشد. تزیینات معماری مسجد به گچبری های ساسانی دیوار و سقف رفیع بنا بسنده شده است. شبستان مسجد، ده دهانه دارد. ورودی اصلی مسجد، مستقیما به شبستان راه دارد. صحن کوچک مسجد از شمال به چهار صفه، از جبهه جنوبی به شبستان مسجد و از شرق و غرب به ایوان محدود می گردد. قوس های مسجد از نوع ناری و طرح طاق ها ناوی و کوره پوش است. کنده کاری های دیوار، به دوران ساسانیان مربوط می شود. دو اتاق کوچک گلی در جبهه غربی مسجد قرار دارد، که همزمان با ساختمان قدیمی مسجد ساخته شده اند. در ابتدا محل کنونی محراب، فرورفتگی راست گوشه ای بوده که پس از اسلام، محراب مسجد در درون فرورفتگی کنده شده است.

مسجد فهرج با شماره ۹۰۶ جزو فهرست آثار ملی ایران به ثبت رسیده است.